JR中央線、西武多摩川線が通る駅です。南口、北口でそれぞれ改札・出口があります。北口を出るとロータリーと商店街があります。南口を出ると正面にはイトーヨーカドが西館・東館と2棟あります。駅周辺は緑がとても多い駅です。武蔵境は大学が多い駅で学生の街になっています。北口には亜細亜大学、南側には日本獣医生命科学大学、国際基督教大学、ルーテル学院大学、東京神学大学があります。駅の近くには日本赤十字病院もあります。