島式ホーム2面4線を有する地上駅(橋上駅舎)である。現在の橋上駅舎は2007年(平成19年)4月1日に供用開始された。独特の流線型を持つ外観は、木津川の流れをイメージしたという。また木材の流通で栄えた町(旧木津町)の歴史を表すため、随所に木目調のデザインを取り入れている。ホームとは跨線橋で結ばれている奈良駅が管理している直営駅で、ICカード乗車券「ICOCA」の利用エリアに含まれている。