1912年(大正元年)10月1日 - 加久藤駅(かくとうえき)として開業。1962年(昭和37年)9月20日 - 貨物営業廃止。1986年(昭和61年)11月1日 - 電子閉塞装置導入により無人化。1987年(昭和62年)4月1日 - 国鉄分割民営化により九州旅客鉄道が継承。1990年(平成2年)11月1日 - えびの駅に改称。