1912年(大正元年)10月1日 - 京町駅(きょうまちえき)として開業。1962年(昭和37年)現駅舎竣工。9月20日 - 貨物営業廃止。1986年(昭和61年)11月1日 電子閉塞装置導入により無人化。1987年(昭和62年)4月1日 国鉄分割民営化により九州旅客鉄道が継承。1990年(平成2年)11月1日 京町温泉駅に改称。2018年(平成30年) 新駅舎竣工、旧駅舎解体。2019年(平成31年)3月 - 交換設備廃止。島式ホームから、片面ホーム1面1線になる。